Для диагностики вируса клещевого энцефалита используют серологические и молекулярно-генетические методы. Необходимо отметить, что метод ПЦР в крови или ликворе человека уступает по чувствительности серологическим методам. Поэтому большее распространение получил достаточно информативный способ обнаружения РНК вируса в иксодовом клеще укусившем человека.